J@rgoniaa koskevat päätökset tekee J@rgonian toimituskunta, viime kädessä päätoimittaja. Toimituskunta päättää artikkelien ottamisesta toimitusprosessiin artikkelikäsikirjoituksen tai artikkelin keskeistä sisältöä kuvaavan 200–400 sanan abstraktin perusteella. Artikkelikäsikirjoitusten lähettämisen deadlinet ovat 15.1. ja 1.8. Puheenvuorojen, raporttien ja kirja-arvioiden deadlinet ovat 28.2. ja 30.9. Lektioiden palauttamisen aikataulusta voidaan sopia tarvittaessa erikseen.
Kirjoittajan affiliaatio liitetään kaikkiin lehdelle tarjottuihin käsikirjoituksiin ja yhteydenottoihin mukaan.
Tarjotun artikkelin tulee edustaa ensisijaisesti etnologiaa, kansatiedettä, kulttuuriantropologiaa, folkloristiikkaa, perinteentutkimusta, kulttuuri- tai sosiaalihistoriaa, poliittista historiaa tai liittyä kiinteästi mainittujen tieteenalojen ajankohtaiseen tieteelliseen keskusteluun. Artikkelin ja muiden kirjoitusten tulee olla alkuperäisiä, aiemmin julkaisemattomia. Kun artikkeli on hyväksytty toimitusprosessiin, kirjoittajalla on kolme kuukautta aikaa viimeistellä käsikirjoitus ennen lähetystä toimituskunnalle. Aikatauluongelmien ja muiden haasteiden osalta kirjoitus- ja julkaisuprosessin aikana, ota viipymättä yhteyttä toimitukseen, jolloin asioita voidaan ratkoa yhdessä.
Suomenkielisten lisäksi, J@rgonia ottaa vastaan ja julkaisee mielellään myös englanninkielistä- ja mahdollisuuksien mukaan myös ruotsinkielistä materiaalia. Vieraskielisiin teksteihin kielenhuolto on kuitenkin aina kirjoittajan omalla vastuulla; myös suomenkielisen materiaalin osalta. Vaikka tekstejä toimitetaankin, J@rgonia ei voi valitettavasti tarjota varsinaisia kielenhuoltopalveluita.
J@rgonia-julkaisusarjaan tarjottavat artikkelikäsikirjoitukset toimitetaan päätoimittajalle doc-, docx- tai tiedostona. Käsikirjoituksen suosituspituus on lähdeluettelo ja välilyönnit mukaan lukien noin 40 000–50 000 merkkiä suomeksi tai noin 8000 sanaa englanniksi. Työtä säästyy, mikäli käsikirjoitus laaditaan kirjoitusohjeiden mukaan. Ohjeet ovat pienin muutoksin Chicago Manual of Stylen 16. painoksen mukaiset. Ohjeet koskevat artikkelin kirjoitusasua; artikkelin sisältöä ja rakennetta koskevia neuvoja voi katsoa esimerkiksi Merja Kinnusen ja Olli Löytyn toimittamasta teoksesta Tieteellinen kirjoittaminen (Vastapaino, 2002).
Kaikki J@rgonian toimitusprosessiin hyväksyt artikkelit läpikäyvät double blind ‑vertaisarvioinnin. Toimitus kutsuu tehtävään kaksi toimituskunnan ulkopuolista ja käsikirjoituksen suhteen riippumatonta refereetä, jotka ovat väitelleitä tutkijoita tai muita asiantuntijoita. Refereet arvioivat käsikirjoituksen tieteellisen pätevyyden ja suosittelevat toimituskunnalle joko artikkelin hyväksymistä tai hylkäämistä sekä antavat tarvittaessa kirjoittajalle korjausehdotuksia.
Lausunnot saatuaan päätoimittaja ja artikkelin vastuutoimittaja arvioivat artikkelin julkaisukelpoisuuden ja sopivat artikkelin tekijän kanssa aikatauluista ja jatkotoimenpiteistä. J@rgonia pidättää oikeuden päättää tarjotun artikkelikäsikirjoituksen sekä muiden kirjoitusten jatkotoimenpiteistä koko toimitusprosessin ajan.
J@rgonia on sitoutunut noudattamaan omassa toiminnassaan Suomen tiedekustantajien liiton ohjeita vertaisarviointiin ja edistämään Tutkimuseettisen neuvottelukunnan (TENK) Hyvä tieteellinen käytäntö -ohjeen (2023) mukaisia periaatteita. Sisällöt toimitetaan ja vertaisarvioidaan luottamuksellisesti, vaitiolovelvollisuutta noudattaen. Mikäli vertaisarviojailla tai toimittajalla on kirjoituksen suhteen eturistiriita, hänen tulee ilmoittaa siitä päätoimittajalle. Epäilyt vilpistä tieteellisessä toiminnassa tai piittaamattomuudesta hyvästä tieteellisestä käytännöstä (HTK-loukkaukset) ilmoitetaan Tutkimuseettiselle neuvottelukunnalle.
Tutkimuseettisesti J@rgonia on sitoutunut noudattamaan TENKin Hyvä tieteellisen käytännön -ohjeita ja TENKin laatimia ohjeita Ihmiseen kohdistuvan tutkimuksen eettisen ennakkoarvioinnin periaatteista (2019). J@rgonia edellyttää, että tutkija on käsikirjoitustaan tarjotessaan pitänyt tutkimusprosessinsa jokaisessa vaiheessa huolen siitä, että näitä periaatteiden noudattamista ei ole laiminlyöty. Mahdolliset tutkimuseettiset ongelmat tai epäselvyydet voivat estää käsikirjoituksen toimitusprosessin ja julkaisemisen. Tarvittaessa konsultoi oman organisaatiosi tutkimuseettisiä tukipalveluita.
Kaikkiin vertaisarvioinnin läpikäyneisiin ja J@rgonian toimitusprosessissa hyväksyttyihin tutkimusartikkeleihin merkitään Tieteellisten seurain valtuuskunnan vertaisarviointitunnus (myönnetty 10.10.2016). Puheenvuorot, katsaukset, raportit, lektiot ja kirja-arviot toimitetaan julkaisukuntoon ilman toimituskunnan ulkopuolista vertaisarviointia.